Voor alle activiteiten die mogelijk een significante impact hebben op Natura200 gebieden is een stikstofberekening een verplicht onderdeel van de omgevingsvergunning. De stikstofberekening als onderdeel van de Voortoets Stikstof moet aantonen dat er geen significant negatief effect plaatsvindt op enige Natura2000 gebieden binnen een straal van 25km van het project. Als een negatief effect kan worden uitgesloten in deze voortoets, dan is er geen Wnb vergunning nodig en volstaat de voortoets. Projecten die zich bevinden op meer dan 25km van enige Natura2000 gebieden zijn dus vrijgesteld van het aanleveren van een AERIUS berekening voor de omgevingsvergunning. Overigens gaat de Raad van State zich binnenkort buigen over deze afkap na 25km, waarbij een grote kans is dat deze regel gaat sneuvelen. Zoals in de kaart hieronder af te lezen is, zijn er ook maar weinig plekken in Nederland die zich op meer dan 25km van enig Natura2000 gebied bevinden.
Wel is het zo dat iedere gemeente haar eigen richtlijnen kan hanteren om te bepalen wanneer een stikstofberekening nodig is. Voor veel gemeentes geldt bijvoorbeeld dat er voor kleine projecten geen voortoets nodig is als het project zich op meer dan 1 of 2 kilometer van een Natura2000 gebied bevindt. In enkele gemeentes is het zelfs zo dat de voortoets alleen nodig is voor projecten van meer dan 6 woningen. Bel dus altijd even de gemeente om te bepalen of er een stikstofberekening nodig is voor de omgevingsvergunning. Daarnaast behoeven vergunningsvrije verbouwingen geen berekening.