Stikstofdepositie ontstaat door de uitstoot van stikstof uit verschillende bronnen. Verkeer is een belangrijke bron van stikstofuitstoot, maar ook industrie, landbouw en de bouwsector dragen bij aan het probleem. De stikstofemissie komt in eerste instantie terecht in de atmosfeer. Hier wordt het door de invloeden van het weer verspreid, waarna het vervolgens neerslaat (deponeert) op de bodem.
De depositie van stikstof (N) wordt voornamelijk veroorzaakt door de uitstoot van twee verschillende stoffen. Het gaat hierbij om ammoniak (NH3), wat voornamelijk wordt uitgestoten door de landbouw en veehouderij, en om stikstofoxiden (NOx), die voornamelijk worden uitgestoten door verbrandingsprocessen. Denk bij deze laatste groep aan verkeer, zeevaart, bouwprocessen en industrie. Hieronder wordt de uitstoot en de verspreiding van stikstof in Nederland schematisch weergegeven. Er is hierbij onderscheid gemaakt tussen ammoniak en NOx. Zoals kan worden afgelezen, wordt er ook stikstof geïmporteerd vanuit voornamelijk Engeland. Vervolgens wordt er ook weer stikstof via de atmosfeer geëxporteerd naar voornamelijk Duitsland. Dit heeft te maken met de zuidwesten winden die in Nederland overheersen. Wat ook opvalt is dat er van ammoniak relatief meer neerslaat dan bij NOx. Dit heeft ermee te maken dat NOx een vrij licht molecuul is, waardoor het langer in de atmosfeer blijft hangen voor het weer neerslaat.